1 września 1939 r. stawił się w swoim pułku w Chełmie i został mianowany na stopień podporucznika. Walczył z Niemcami pod Włodzimierzem Wołyńskim. 19 września z rozkazu generała Smorawińskiego złożył broń i na podstawie rozmów kapitulacyjnych odszedł z innymi oficerami w kierunku Warszawy. Sowieci złamali warunki kapitulacji i wzięli ich do niewoli, ładując do bydlęcych wagonów i wywożąc do Kozielska, a stamtąd do Katynia, gdzie zostali zamordowani. Podporucznik Bernaciak uciekł z transportu wyskakując z wagonu tuż za dawną granicą ze Związkiem Radzieckim. Do domu wracał pieszo wędrując ponad 30 dni.

Po powrocie rozpoczął działalność w Związku Walki Zbrojnej pod pseudonimem „Dyroku Zygmunt Kultys złożył przysięgę zostając partyzantem pseudonim „Lis”. Działalność w konspiracji polegała na gromadzeniu broni, szkoleniu wojskowym, drukowaniu ulotek i prasy, udziału w akcjach wymierzonych w okupanta, likwidowaniu zdrajców i bandytów. W sierpniu 1943 r. na wniosek Bernaciaka utworzono sześcioosobowy patrol partyzancki (dziś z tego patrolu żyje jedynie Zygmunt Kultys, którego wspomnień wysłuchaliśmy).mek”. Prowadził w Rykach księgarnię, która była przykrywką dla jego pacy konspiracyjnej. Został mianowany szefem Kedywu podobwodu Dęblin-Ryki należącego do obwodu Puławy. W tym czasie w kwietniu 1940 

20 listopada 1943 r. por. Bernaciak uniknął aresztowania w Zalesiu przez żandarmów i dołączył do patrolu tworząc zawiązek przyszłego oddziału partyzanckiego (OP I – 15). Do oddziału zaczęto przyjmować ludzi zagrożonych aresztowaniem przez Niemców.

.W maju 1944 r. oddział liczył około 60 żołnierzy i przyjął kryptonim OP15/1, a na przełomie lipca i sierpnia liczył około 200 osób. Pod dowództwem por. Bernaciaka oddział wykonał ponad 20 akcji i stoczył kilka walk z Niemcami. 3 maja 1944 r. w Piotrówku partyzanci zorganizowali mszę świętą i defiladę z okazji 153 rocznicy uchwalenia Konstytucji 3 maja. Nasz dziadek opowiadał: „przez kilka godzin czuliśmy się jak w wolnej Polsce, biało-czerwone flagi, defilada uzbrojonych żołnierzy, gdy zaśpiewaliśmy „Witaj maj, Trzeci Maj...” łzy wzruszenia zasłoniły mi oczy”.

3 maja 1944 roku - polowa msza święta w Piotrówku

Na terenie obwodu Puławy w czasie wojny działało kilka band, m. in. pod dowództwem Mikołaja Paramonowa agenta NKWD, znana z mordowania polskich oficerów i działaczy niepodległościowych. W czasie okupacji niemieckiej na terenie Podobwodu „A” Dęblin-Ryki więcej żołnierzy AK zginęło od kul bandytów niż z rąk Niemców. Po mobilizacji w ramach akcji „Burza”  26 lipca 1944 r. stu żołnierzy „Orlika weszło do Ryk, gdzie zostali entuzjastycznie powitani przez mieszkańców.

Jako gospodarz witał czołgi sowieckie, następnie zdobył składnicę wojskową w Stawach. W nocy z 27 na 28 lipca w Zalesiu rozwiązał oddział.